На этой стадии к 28 победителям 1/128 финала присоединяться "Ротор" и "Металлург" (как команды Второй лиги с наивысшим рейтингом).
"СтавропольАгроСоюз" - "Спартак-Нальчик"
"Динамо" (Ставрополь) - "Черноморец"
СКА (Ростов-на-Дону) - "Кубань-Холдинг"
"Ротор" - "Металлург"
"Текстильщик" - "Спартак" (Кострома)
"Муром" - "Торпедо-Владимир"
"Амкал" - "Звезда"
"Ленинградец" - "Динамо" (Санкт-Петербург)
"Зенит" (Пенза) - "Космос"
"Рязань" - "Пересвет"
"Динамо-Брянск" - "Строгино"
"Авангард" - "Спартак" (Тамбов)
"Зенит-Ижевск" - "Химик-Август"
"Тюмень" - "Челябинск"
"Динамо-Владивосток" - "Иртыш"
Матчи 1/64 финала пройдут 14 сентября. Победители выйдут в 1/32 финала Кубка. На этой стадии турнира в борьбу вступят клубы Первой лиги.