Основан 23 июля 1922 года. Один из старейших футбольных клубов России, ведущий свою историю с момента основания «Казанки» при Московско-Казанской железной дороге, затем неоднократно менявший своё название
Генеральный директор "Уфы" Шамиль Газизов считает, что пенальти в пользу команды из Башкортостана в матче третьего тура Российской Премьер-Лиги против "Локомотива" (1:1) был назначен верно.