Воспитанник московских команд «Унион» и затем СТС (1924-27). Первые тренеры — Георгий Эрнестович Мейер и Владимир Михайлович Миндер.Выступал за московские клубы СТС (1928—1929), СКиГ (1931—1933), «Динамо» (1933—1944).
Чемпион СССР 1935 (5 матчей, 6 голов). Чемпион Москвы 1934 (о), 1935 (в).
В чемпионатах СССР по футболу — 87 матчей, 40 голов (+ 7 игр, 3 гола в чемпионате 1941). Чемпион СССР 1936 (весна), 1937, 1940 гг. Обладатель Кубка СССР 1937 г.
В «55-ти» — № 1 (1938).
В сборной Москвы — 1934-40. Участник победной поездки «Спартака» (Москва) в Болгарию (1940), первых матчей с зарубежными профессиональными командами — «Жиденице» (Брно, Чехословакия) в 1934, «Рэсинг» (Париж, Франция) в 1936, матчей со сборной Праги в 1935, сборной Басконии в 1937.
Сыграл в 1935 в 3 неофициальных матчах за сборную СССР, забил 1 гол.
Один из лучших футболистов довоенных лет в СССР. Техничный, умел организовывать атаку, владел хорошо поставленным ударом с правой ноги. Умело владел дриблингом и различными финтами. Вел комбинационную игру и контролировал мяч, не опуская головы. Особенно удачно взаимодействовал с С.Ильиным.
В чемпионатах СССР по хоккею с мячом — 12 матчей, 19 мячей. В розыгрышах Кубка СССР — 40 матчей. 55 мячей. Чемпион СССР 1936, серебряный призёр 1950, девятикратный обладатель (1937, 1938, 1939, 1940, 1941, 1947, 1948, 1949, 1950) Кубка СССР в составе «Динамо» (Москва). Лучший бомбардир чемпионатов СССР 1936 (9 мячей) и 1950 (10 мячей).
В 1944 (с октября) — 1950 (по июнь) и в 1953 (с августа) — 1960 годах — старший тренер команды Динамо (Москва). Рекордсмен среди тренеров команды по количеству завоеванных чемпионских званий (6 — 1945, 1949, 1954, 1955, 1957 и 1959 годы) и по общему количеству призовых мест в чемпионатах страны (12 — дополнительно к первому месту пять раз приводил команду к выигрышу второго места — 1946, 1947, 1948, 1956 и 1958 годы и один раз третьего — 1960 год). При Якушине один раз команда владела Кубком СССР (в 1953 году) и трижды (в 1945, 1949 и 1955 годах) выходила в финал Кубка СССР. Под руководством Якушина, московское «Динамо» в ноябре 1945 года совершило памятную поездку в Великобританию, высоко поднявшую авторитет советского футбола. Под его же руководством команда в 40-50-е годы достойно провело матчи с сильнейшими профессиональными командами Европы и Южной Америки.
Вместе с «Динамо» в 1945 стал первооткрывателм нового тактического варианта — 1+4+2+4.
В 1950 (с августа) — 1953 (по август), затем в 1962 (с июня) — 1964 (по апрель) и вновь в 1974 (с августа) — 1975 годах Якушин работал старшим тренером тбилисского «Динамо». В 1965—1966 и затем в 1969—1970 годах он был старшим тренером «Пахтакора» Ташкент; а в 1973 году (по май) — «Локомотива» Москва. В 1959 году (с сентября) и в 1967—1968 годах Якушин был старшим тренером первой сборной СССР, которая под его началом успешно провела отборочные матчи Кубка Европы 1960 года, вышла в финальный турнир чемпионата Европы 1968 года, заняв четвёртое место. В 1967 году сборная под его руководством блестяще провела сезон и была поставлена еженедельником «France Football» на первое место среди европейских национальных сборных. Одновременно с тренерской работой в клубных командах был в 1952 году (в период с июня по июль) и в 1957—1958 (по июнь) годах тренером сборной СССР, в 1959 году (по сентябрь) — тренером олимпийской сборной СССР, в 1955—1956 годах старшим тренером второй сборной СССР. В 1961—1962 (по май) годах работал тренером Федерации футбола СССР.
В 70-80-х годах после выхода на пенсию активно работал на общественной работе в Федерации футбола СССР, в тренерском и техническом советах Федерации, в инспекторской комиссии и других. С 1993 года по февраль 1997 года (до конца жизни) входил в Совет директоров ФК «Динамо» Москва.
Автор книг «Вечная тайна футбола» (М., 1988), «Футбол в зеркале времени» (в соавторстве, М., 1993).
Лауреат премии «Стрелец» 1995 (за вклад в развитие российского футбола). Награждён орденами Трудового Красного Знамени (1957) и Дружбы (1996).
С 1996 приз Якушина разыгрывают команды ветеранов московских клубов.
Настоящие любители футбола всегда будут помнить этого талантливого футболиста и тренера. Сегодня многие ветераны футбола посетили могилу Михаила Якушина и почтили его память.
