Первую половину прошлого сезона Шишкин играл за "Краснодар". Зимой перешел в "Крылья Советов", за которые выступал на правах аренды. В общей сложности провел 22 матча и забил 2 гола. Футболист стал свободным агентом в июле 2019-го.
Ранее Шишкин играл за "Спартак" и "Локомотив". Портал transfermarkt.de оценивает футболиста в 1 миллион евро.